Ripartizione III – Scuola di Dottorato Tor Vergata






BIOLOGIA CELLULARE E MOLECOLARE

Procedura di accesso
Competition procedure



Obiettivi formativi del dottorato
Educational goals and objectives

descrizione:Il programma del Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare offre un'esperienza formativa multidisciplinare unica che porta al raggiungimento del più alto livello di istruzione accademica in Italia. Il Dipartimento di Biologia, in collaborazione con diverse istituzioni private e pubbliche, non solo nell'area di Roma, ha definito un Programma che attraversa i tradizionali confini disciplinari per offrire agli studenti una formazione alla ricerca in diversi laboratori. Il Dottorato fornisce le competenze necessarie per svolgere attività di ricerca di alta qualità sia in enti pubblici che privati, per lo sviluppo del progresso scientifico e tecnologico e contribuendo alla creazione di una classe dirigente con un background professionale di alto livello e un corrispondente approccio internazionale. Gli studenti laureati possono scegliere tra opportunità di ricerca in aree diverse come la biologia molecolare, la genetica, la biologia cellulare, la biochimica, la biologia dello sviluppo e la bioinformatica.
Al termine del Dottorato la tesi viene preventivamente esaminata da due revisori, nominati dal Collegio dei docenti (uno esterno all'Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” e uno di Istituzioni estere) e, previo giudizio positivo, il dottorando viene ammesso alla Prova Finale. Il titolo di Dottorato è conferito dal Rettore a seguito dell'esito positivo della discussione pubblica della tesi davanti alla Commissione d'esame.

PhD:CELLULAR AND MOLECULAR BIOLOGY
description:
The program in Cellular and Molecular Biology offers a unique multidisciplinary training experience leading to a Doctorate degree, the highest academic educational level in Italy. The Biology Department in partnership with several private and public institutions, not only located in the Rome area, have formed a Program that crosses traditional disciplinary boundaries to offer student research training in different laboratories. The PhD program provides the necessary skills to perform high-quality research activity both in public and private bodies, for the development of scientific and technological progress and contributing to the creation of a leading class with a high-level professional background and a corresponding international approach. Graduate students can select from research opportunities in areas as diverse as molecular biology, genetics, cell biology, biochemistry, developmental biology and bioinformatics.
At the end of the PhD program the thesis is previously examined by two reviewers (one external to the University of Rome “Tor Vergata” and one of the foreign Institutions) appointed in consultation by the PhD Program Committee and, upon positive judgment, the PhD student is admitted to the Final Examination. The Doctoral title is awarded by the Rector following the successful public defense of the thesis before the Examination Committee.

Settori Disciplinari:

Borse e posti di dottorato disponibili
Available scholarships and positions

ex D.M. 117/2023 ex D.M. 118/2023 Enti terzi Ateneo Stato Estero Dipendenti PA Imprese senza borsa Partenariati estesi Posti senza borsa
Transizione digitale Generiche Pubblica Amministrazione Patrimonio culturale
0 0 4 0 0 4 6 2 2 1 0 6

Tematiche definite per le borse PNRR e di Ateneo estero
Themes defined for funded scholarships

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Verso una fermentazione assistita dal suono
Ente finanziatore: PNRR
Verso una fermentazione assistita dal suono: un nuovo processo industriale sostenibile e rispettoso dell'ambiente per migliorare la velocità di produzione. Costruire una nuova metodologia basata sulla fermentazione assistita da ultrasuoni per aumentare l'efficienza energetica dei processi di produzione industriale.

- Towards a sound assisted fermentation
Towards a sound assisted fermentation: a new industrial process, more sustainable and environmentally friendly, to speed up the production process. The aim is to construct a new methodology based on ultrasound stimulation to augment the energetic efficiency of industrial production processes.

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Meccanismi Metabolici alla base dell’atrofia muscolare
Ente finanziatore: PNRR
Il progetto mira ad identificare gli adattamenti metabolici che si instaurano nelle cellule muscolari che vanno incontro ad atrofia attraverso modelli in vitro. Particolare attenzione verrà rivolta al metabolismo lipidico e alla comunicazione che può intercorrere con gli adipociti in condizioni senescenti ed infiammatorie. Attraverso un approccio di riposizionamento di farmaci già approvati dalla Food and Drug Administration, verranno inoltre individuate molecole in grado di attenuare la risposta atrofica agendo sul metabolismo o sulla regolazione di geni tipicamente associati con la proteolisi muscolare. I farmaci selezionati verranno testati in vivo su modelli murini di atrofia/sarcopenia.

- Metabolic mechanisms underlying muscle atrophy
The project aims to identify the metabolic adaptations that take place in muscle cells undergoing atrophy through in vitro models. Particular attention will be paid to lipid metabolism and to the communication that can occur with adipocytes in senescent and inflammatory conditions. Through a repositioning approach of drugs already approved by the Food and Drug Administration, molecules capable of attenuating the atrophic response by acting on the metabolism or regulation of genes typically associated with muscle proteolysis will also be identified. The selected drugs will be tested in vivo on mouse models of atrophy/sarcopenia.

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Caratterizzazione di nuovi pathway molecolari mediati da Caspasi-8 coinvolti nello sviluppo tumorale e nella resistenza a terapia
Ente finanziatore: PNRR
Il progetto propone di utilizzare un pannello di modelli cellulari tumorali 2D e 3D, per chiarire i meccanismi molecolari attraverso cui alcuni tumori “corrompono” una proteina che svolge una funzione essenziale nella trasduzione di segnali apoptotici e che viene quindi considerata un soppressore tumorale, attivandone una funzione non canonica che la rende in grado di modulare il microambiente tumorale, promuovere l'angiogenesi e la resistenza a terapia. A tale scopo si utilizzeranno diversi approcci interdisciplinari combinando, esperimenti di biologia cellulare e molecolare classici, volti a caratterizzare le modifiche post-traduzionali di interesse, con esperimenti omici (per esempio trascrittomica, proteomica e fosfoproteomica, screening di library CRISPR-CAS9) per definire in modo più completo le vie di trasduzione del segnale alterate dalla “riprogrammazione” della funzione di caspasi-8.

- Characterization of new molecular pathways dependent on Caspase-8 that modulate tumor development and resistance to therapy
The proposed project will take advantage of a panel of 2D and 3D tumor cellular models to clarify the molecular mechanisms through which some tumors can “corrupt” Caspase-8, a protein that performs an essential function in the transduction of apoptotic signals and which is therefore considered a tumor suppressor, activating a non-canonical function that promotes the modulation of the tumor microenvironment, sustains neoangiogenesis and resistance to therapy. For this purpose, different interdisciplinary approaches will be used by combining classical cell and molecular biology experiments, aimed at characterizing the post-translational modifications of interest, with omics experiments (as an example, transcriptomics, proteomics and phosphoproteomics, CRISPR-CAS9 library screening) to define the signal transduction pathways altered by the "reprogramming" of Caspase-8 function.

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Ottimizzazione delle tecniche di rigenerazione tissutale, cellulare e rilascio di farmaci tramite nanoparticelle polisaccaridiche e peptidiche e/o tecnologia LIPUS
Ente finanziatore: PNRR
Usando cellule di oligodendroglia precursori (OPC) e/o IPSC-derived OPCs, ci proponiamo di identificare, usando LIPUS e nanoparticelle di fitoglicogeno di stimolare in maniera non invasiva la proliferazione delle cellule neurali precursori, il differenziamento degli OPC e oligodendrociti premielinanti per uso nelle terapie rigenerative nella Sclerosi Multipla (MS) e altre malattie neurodegenerative dove il fine ultimo è di migliorare la proliferazione delle NPC e il differenziamento degli OPC per il recupero degli effetti della demielinazione

- Ottimization of tissue and cellular regeneration and drug delivery technologies using polysaccahriduc and peptidic nanoparticles and / or LIPUS technologies
Using oligodendroglia model cell line and/or iPSC derived OPC we aim to identify a protocol allowing, using Low-Intensity Pulsed Ultrasound (LIPUS) and phytoglycogen (PG)nanocarriers to stimulate neural precursor cells (NPC), OPC and/or preOL differentiation in myelinating oligodendrocytes to use in the regenerative therapies in MS and other neurodegeneration where NPC proliferation and OPC differentiation is the goal to recover the effects of demyelination.

ALTRI FINANZIAMENTI - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Utilizzo di un modello murino transgenico per la correzione dei difetti cognitivo/comportamentali e muscolo-scheletrici associati alla distrofia muscolare megaconiale.
Ente finanziatore: Istituto Superiore Sanità
La distrofia muscolare megaconiale congenita (DMM; OMIM 602541) è una rara malattia genetica del muscolo scheletrico, con insorgenza in età pediatrica e a carattere degenerativo, causata dall’assenza funzionale della isoforma beta della colina chinasi (ChkB). In questo progetto si caratterizzerà dal punto di vista comportamentale un modello murino chkB difettivo (chkBflp/flp). Le anomalie riscontrate nei topi chkBflp/flp rendono questo ceppo particolarmente interessante come modello sperimentale per studi di terapia genica preclinica volti a correggere i difetti intellettivi e comportamentali legati all’assenza dell’enzima. A tale scopo si procederà con la generazione di un ceppo murino transgenico in cui l’espressione della chkB è regolata dalla tetraciclina (Tet-ON Rosa26-chkB). Successivamente questi animali saranno incrociati con i topi chkflp/flp per dare origine al ceppo Tet-ON Rosa26-chkB flp/flp, capace di esprimere la chkB in modo inducibile in tutti i tessuti. Il progetto di dottorato si propone di valutare gli effetti dell’espressione della chkBflp/flp nella correzione delle anomalie neuro-comportamentali, cardiache e muscolari nel ceppo Tet-ON Rosa26-chkBflp/flp. In particolare, la capacità di esprimere la chkB in modo temporalmente controllato permetterà di identificare lo stadio di sviluppo, intrauterino o postnatale, entro il quale l'espressione dell'enzima previene l'insorgenza del fenotipo patologico.

- Use of a transgenic mouse model for the correction of cognitive/behavioral and musculoskeletal defects associated with megaconial muscular dystrophy.
Congenital megaconial muscular dystrophy (DMM; OMIM 602541) is a rare genetic disease of the skeletal muscle, with onset in childhood and of a degenerative nature, caused by the functional absence of the beta isoform of choline kinase (ChkB). In this project, a chkB defective mouse model (chkBflp/flp) will be characterized from a behavioral point of view. The anomalies found in chkBflp/flp mice make this strain particularly interesting as an experimental model for preclinical gene therapy studies aimed at correcting the intellectual and behavioral defects linked to the absence of the enzyme. To this aim, we will proceed with the generation of a transgenic mouse strain in which the expression of chkB is regulated by tetracycline (Tet-ON Rosa26-chkB). Subsequently these animals will be crossed with chkBflp/flp mice to give rise to the Tet-ON Rosa26-chkBflp/flp strain, capable of inducibly expressing chkB in all tissues. The PhD project aims to evaluate the effects of chkBflp/flp expression in the correction of neuro-behavioral, cardiac and muscular abnormalities in the Tet-ON Rosa26-chkBflp/flp strain. In particular, the ability to express chkB in a temporally controlled way will allow to identify the stage of development, intrauterine or postnatal, within which the expression of the enzyme prevents the onset of the pathological phenotype.

ALTRI FINANZIAMENTI - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Modulare l'ambiente stromale immunosoppressivo del cancro del pancreas attraverso riposizionamento di farmaci: verso strategie innovative per una migliore immunoterapia nel tumore al pancreas (PDAC).
Ente finanziatore: CNR
Il progetto userà molteplici approcci per definire il ruolo del pathway SLIT/ROBO e la sua modulazione farmacologica nel PDAC. Grazie a metodi trascritomici spaziali, il progetto definirà la regolazione dell'espressione SLIT e ROBO allo scopo di identificare un biomarcatore predittivo. Modelli cellulari e derivati ​​​​da paziente in vivo forniranno informazioni sull'evasione del tumore dal controllo immunitario e dalle metastasi. Come obiettivo finale, il progetto prevede una strategia di sviluppo di farmaci da aggiungere all'uso di inibitori del checkpoint immunitario, identificati mediante riposizionamento di farmaci in silico e convalidati sperimentalmente.

- Targeting the immunosuppressive stromal context of pancreatic cancer through drug repurposing: towards innovative strategies for improved immunotherapy in pancreatic adenocarcinoma (PDAC).
The project will implement multiple approaches to define the role of the SLIT/ROBO- pathway and its pharmacological modulation in PDAC. Underpinned by spatial transcriptomic methods, the project will define the landscape of SLIT and ROBO expression and derive a spatial score of immunopositioning and tumor behavior to leverage a predictive biomarker. Smart multi-cellular and in vivo patient-derived models will provide insights into tumor escape of immune- control and metastasis. As the ultimate goal, the Ph.D. project envisions a drug development strategy to add-on to the use of immune checkpoint inhibitors, identified by in-silico drug repurposing and experimentally validated.

ALTRI FINANZIAMENTI - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Approcci computazionali per un'efficace personalizzazione delle terapie nel tumore al pancreas (PDAC) basate sulla dipendenza del tumore da KRAS
Ente finanziatore: CNR
Il progetto si propone di indagare aspetti molecolari, clinici e farmacologici in modelli di PDAC dipendente da KRAS. Il progetto intende validare una nuova sottotipizzazione basata su biomarcatori di PDAC e il suo significato clinico in pazienti con malattia localizzata o tumori avanzati/refrattari, fornendo dati molecolari e immunologici. Il progetto mira anche a fornire una valutazione dell'efficacia preclinica di farmaci approvati dalla FDA, da soli o in combinazione, in vari modelli di cancro di PDAC KRAS-dipendente, incluso il suo effetto sulla risposta al danno del DNA e sul microambiente tumorale.

- Biocomputing and exploiting the tumor KRAS-dependency for effective personalized therapies in PDAC
The project aims to investigate cancer biology, and clinical and pharmacological aspects associated with KRAS-dependent PDAC. The Ph.D. student will validate a novel, biomarker-driven subtyping of PDAC and its clinical significance in patients with localized or advanced/refractory tumors, providing molecular and immunological data. The project aims also to provide an evaluation of the preclinical efficacy of FDA-approved drugs, alone or in combination, in various cancer models of KRAS-dependent PDAC, including its effect on DNA damage response and the tumor microenvironment.

Il candidato sceglierà una tematica in fase di presentazione della candidatura on line


Procedura concorsuale
Competition Procedure

Valutazione titoli
Qualifications assessment

lingua/language:
ITALIANO
Voto di laurea
Media del voto degli esami sostenuti nel corso di Laurea
Pubblicazioni
Esperienza all'estero (almeno tre mesi)
Master, diplomi di specializzazione, altre Lauree
Contratti di collaborazione alla ricerca nei Settori Scientifici Disciplinari (SSD) del dottorato
Lettera di referenza
Degree mark
The average score of the exams taken during the degree course
Publications
Experience abroad (at least three months)
Masters, specialization diplomas, other degrees
Research collaboration agreements in the Scientific Disciplinary Sectors (SSD) of the PhD
Reference letter

Prova scritta
Written examination

lingua/language:
ITALIANO
Test a scelta multipla a carattere generale su aspetti di Biologia Cellulare e Molecolare con cenni di bioinformatica Multiple-choice test of a general nature on aspects of Cellular and Molecular Biology with hints of bioinformatics

Prova orale
Oral interview

lingua/language:
ITALIANO
Verterà sulle conoscenze e competenze del candidato nei campi di interesse del Dottorato, sul contenuto della prova scritta e in una prova di lettura e comprensione in lingua inglese It will focus on the knowledge and skills of the candidate in the fields of interest of the Doctorate, on the content of the written test, and on a reading and comprehension test in English


Informazioni e recapiti
contacts and info
ciriolo@bio.uniroma2.it 0672594369
Eventuali ulteriori informazioni
more info
Pagina del Corso di Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare Pagina del Corso di Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare

Curriculum studiorum

- data e voto di laurea (obbligatorio)
Graduation date and grade of the Master's degree
- elenco degli esami sostenuti per la laurea MAGISTRALE e relative votazioni (obbligatorio)
detailed list of exams including completion dates and scores of Masters's degree
- elenco cronologico di Borse di studio, Assegni di ricerca (et similia) percepiti
History of Scholarships, Research Grants (or similar)
- Diplomi/attestati di partecipazione di corsi universitari post-lauream
Certificates of participation in post-graduate university courses
- Altri riconoscimenti (p. es.: premiazione in concorsi, seconda laurea)
Other University Awards/Degrees (e.g.: awards in competition, second degree)

Ulteriore documentazione richiesta ai candidati
Additional documentation required

prima lettera di presentazione (a cura di un docente) non obbligatorio/optional, la lettera dovrà essere caricata dal docente sull'apposita piattaforma entro il 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana/the letter must be uploaded by the referee by il 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
seconda lettera di presentazione (a cura di un docente) non obbligatorio/optional, la lettera dovrà essere caricata dal docente sull'apposita piattaforma entro il 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana/the letter must be uploaded by the referee by il 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
elenco delle pubblicazioni non obbligatorio/optional, da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
descrizione delle precedenti esperienze di ricerca non obbligatorio/optional, da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
pubblicazioni (un pdf per ciascuna) non obbligatorio/optional, da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana

Competenza linguistica richiesta ai candidati
Language Skills

Il candidato dovrà obbligatoriamente conoscere le seguenti lingue:
the candidate will have to know the following languages
INGLESE

Griglia di valutazione
Evaluation scale

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Credits