Dottorato in MEDICINA SPERIMENTALE E DEI SISTEMI

Primo anno

Attività
Elenco dei corsi/attività 

corso/attività	ore
Statisitica 1 Corso di programmazione in linguaggio R Tipologia: scuole di formazione dedicate Tipo corso: nazionale Macrosettore: altro Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	9
Fisiopatologia Metabolica Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi metabolica nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie metaboliche sistemiche delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: altro Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	2
Fisiopatologia Cardiovascolare Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi del sistema cardiovascolare nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie cardiovascolari delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: altro Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	2
Fisiopatologia Immuno-Mucosale biettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi mucosale nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie immuno-infiammatorie e neoplastiche dell’ apparato digerente delineando i potenziali bersagli terapeutici. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	2
Fisiopatologia Respiratoria Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi degli scambi respiratori nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie del sistema respiratorio delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	2
Fisiopatologia oncologica Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che sottostanno le alterazioni del ciclo e della replicazione cellulari nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie neoplastiche degli organi solidi delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	2
Statistica Medica Obiettivo del corso è fornire i rudimenti necessari per l'analisi statistica di dati sperimentali sia in ambito clinico sia in ambito biomedico. I discenti al termine del corso saranno in gradi di effettuare correttamente ad esempio t-test, anova, regressione di cox e altri test specifici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	2
INTRODUCTION TO R The “Intro2R” course introduces the use of the R language by teaching the correct approach to data and computational aptitude. The main structural topics that characterize all types of data, the good practices for setting up the work computationally and the basics of tabular manipulation using the tidy data paradigm and Tidyverse packages are addressed. The main aim of the course is to enable students to make an informed and enhanced use of R scripting by providing them with tools that allow them to go beyond the use of a simple spreadsheet for managing very large tabular data (e.g. gene expression data matrices ). Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	0
DESCRIPTIVE STATISTICS IN CODING MODE USING R The foundations of descriptive statistics, what they are and how the indices of position (e.g. mean and median), variability (e.g. variance and standard deviation) and asymmetry are calculated, how to choose them and above all how to interpret them in light of the data and the context; how to calculate and use correlation and covariance. It is this knowledge that is needed to approach the data (and the datasets) even before starting a real analysis; in fact, these are the fundamentals that are needed to correctly set up subsequent analyses. In this course we learn to distinguish and work with different types of data and to explore datasets to identify missing values and look for any patterns, eventually transforming and manipulating the dataset under examination for this purpose. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	15
Guide for patent application a training path from basic research to effective patent management for the purposes of protecting and enhancing intellectual and industrial property and to learning the best strategies for developing an experimental scientific article (how to set up, structure and publish an scientific text). Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	4

Secondo anno

Attività
  Elenco dei corsi/attività 

corso/attività	ore
Fisiopatologia Metabolica Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi metabolica nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie metaboliche sistemiche delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: altro Tipo corso: nazionale Macrosettore: altro Area: scientifica Elevata formazione: SI Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	3
Fisiopatologia Cardiovascolare Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi del sistema cardiovascolare nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie cardiovascolari delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: altro Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	3
Fisiopatologia Immuno-Mucosale Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi mucosale nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie immuno-infiammatorie e neoplastiche dell’ apparato digerente delineando i potenziali bersagli terapeutici. Tipologia: altro Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: umanistica Elevata formazione: SI Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	3
Fisiopatologia Respiratoria Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi degli scambi respiratori nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie del sistema respiratorio delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: umanistica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	3
Fisiopatologia oncologica Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che sottostanno le alterazioni del ciclo e della replicazione cellulari nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie neoplastiche degli organi solidi delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: umanistica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: entrambi i casi	3
innovations in medical statistics and statistical modeling of the clinical question providing the information necessary to deepen their statistical knowledge, with particular reference to the use of statistical models applied to a clinical research protocol and methodological innovations relating to both study planning and data analysis. Tipologia: altro Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	18
INFERENTIAL STATISTICS This course addresses the testing process in detail using real examples and scenarios. What types of hypothesis tests are commonly used by researchers and choose among them the most suitable test in each situation. The topics covered are hypothesis tests (e.g. t-test, Mann Whitney U test, Chi-square test) and the choice of the most suitable test for different study situations. We try to convey the main differences between the most common types of tests. Parametric or non-parametric tests, independent or paired tests. Finally, type I and II errors (α and β) and the concept of the power of a test are addressed, in order to understand and learn to correctly use the concept of p-value. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	15
Modelli statistici costruzione e interpretazione dei modelli statistici, essenziali per rispondere alle domande di ricerca e fare previsioni accurate. Partendo dalla regressione lineare semplice, il corso progredisce verso modelli statistici più complessi, come i modelli lineari generalizzati, approfondendo concetti di associazione, previsione e aggiustamento. Imparerai a utilizzare i modelli per analizzare relazioni tra variabili e a interpretare i risultati in modo chiaro e rigoroso. Saranno inoltre introdotti modelli di regressione penalizzata, come Ridge, LASSO e Elastic Net, Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	15

Terzo anno

Attività
Elenco dei corsi/attività 

corso/attività	ore
Fisiopatologia Metabolica Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi metabolica nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie metaboliche sistemiche delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: INGLESE Modalità: entrambi i casi	3
Fisiopatologia Cardiovascolare Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi del sistema cardiovascolare nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie cardiovascolari delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: altro Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO/INGLESE Modalità: entrambi i casi	3
Fisiopatologia Immuno-Mucosale Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi mucosale nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie immuno-infiammatorie e neoplastiche dell’ apparato digerente delineando i potenziali bersagli terapeutici. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO/INGLESE Modalità: entrambi i casi	3
Fisiopatologia Respiratoria Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che mantengono l’ omeostasi degli scambi respiratori nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie del sistema respiratorio delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO/INGLESE Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	3
Fisiopatologia oncologica Obiettivo dell’ insegnamento è quello di fornire le più recenti acquisizioni scientifiche dei meccanismi che sottostanno le alterazioni del ciclo e della replicazione cellulari nonché illustrare i fattori di rischio ed i meccanismi molecolari sottostanti la patogenesi delle malattie neoplastiche degli organi solidi delineando i potenziali bersagli terapeutici Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: formazione all’imprenditoria Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO/INGLESE Modalità: entrambi i casi	3
FUNCTIONAL GENOMICS To nterpret and make biological sense of the results of any omics experiment, whether genomic or proteomic. During the course we address the differences between over-representation analyzes (ORA) such as ontology analyzes and functional class scoring (FCS) analyzes such as GSEA (gene set enrichment analysis). At the end of the course, students learn the existence and use of specific repositories and databases for the functional description of molecular actors (GO, MsigDB, KEGG) and acquire the concepts and methods to be able to independently manage gene ontologies, enrichment of genesets, the weight of gene expression on enrichments, network metrics. This is a course that requires individual students to apply their biological knowledge to computational tools in order to develop a detailed interpretation of the results. The course delivered in "coding" includes the teaching of ORA analysis using R/Bioconductor packages. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	15
RNA SEQUENCE The RNAseq course exposes the main concepts of second generation sequencing (NGS) applied to the study of gene expression (mRNA and different RNA). The main phases that characterize a typical RNA sequencing analysis are described: primary, secondary and tertiary. The course highlights what can be tackled by a biologist and how he can deal with a bioinformatician, especially for those phases (primary analysis) characterized by high IT skills and the need to access a computing cluster. The course is delivered in " coding”, involves teaching secondary analysis (gene expression and differential expression) through the use of Bioconductor packages with particular reference to the widespread DESeq2 protocol. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	15
Comunicazione scientifica un percorso completo per imparare a trasmettere concetti complessi in modo chiaro, accessibile e accattivante, attraverso la scrittura, la grafica e la presentazione orale. Per imparare a selezionare i messaggi chiave di un rerport scientifico, comunicare in modo chiaro e incisivo, sia attraverso la scrittura che la grafica. Conoscere le tecniche per costruire narrazioni efficaci e presentazioni visivamente potenti in ambito tecnico scientifico. Tipologia: workshop Tipo corso: nazionale Macrosettore: open science Area: scientifica Elevata formazione: NO Verifica finale: NO Lingua: ITALIANO Modalità: riconducibile al progetto formativo del Dottorando	10