Dottorato in MATERIALS FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT

email: falconi@uniroma2.it
telefono: 06.7259.4025
edificio: Sogene
stanza: 373

Prof. Mattia Falconi Curriculum Vitae

Dati personali:
Nato a Roma il 30/03/1963.

Sede attuale: Università degli Studi di Tor Vergata, Dipartimento di Biologia, Via della Ricerca Scientifica 1, 00133 Roma, Italia. Telefono studio: +39.06.72594025; Laboratorio: +39.06.72594326; e-mail: falconi@uniroma2.it

Titoli accademici e formativi:
- 1987 - Laurea in Scienze Biologiche 110/110 lode, Università degli Studi di Roma Tor Vergata.
- 1989 -1991 - Dottorato di Ricerca in Biochimica, Università degli Studi di Roma Sapienza.

Tirocinio post-laurea presso istituzioni italiane ed estere e incarichi professionali:
- 1991 borsa di studio del C.N.R. nel campo "Targeted Modification of Proteins".
- 1992 borsa di studio del C.N.R. in "Caratterizzazione di proteine e loro modificazioni mirate".
- 1993-1994 C.N.R.S. (Centre National de la Recherche Scientifique) ricercatore presso il C.E.C.A.M. "Centre Europeen de Calcul Atomique et Moleculaire" Université Paris-Sud e presso l'Ecole Normale Supérieure di Lione, Francia.
- 1994 Borsa di studio I.N.F.M. (Istituto Nazionale di Fisica della Materia).
- 1996 Borsa di studio I.N.F.M. (Istituto Nazionale di Fisica della Materia).
- 1997 borsa di studio post-dottorato presso l'Istituto di Scienze Biochimiche e Farmacologiche dell'Università di Catania.
- 2000 assegno di ricerca su "Simulazione della dinamica molecolare di proteine globulari" presso il Dipartimento di Biologia dell'Università di Tor Vergata.
- 2002-2004 Ricercatore nel settore scientifico-disciplinare BIO/11, Biologia Molecolare presso il Dipartimento di Biologia dell'Università degli Studi di Tor Vergata, Facoltà di Scienze MM.FF.NN.
- 2005- Professore Associato presso il Dipartimento di Biologia dell'Università degli Studi di Tor Vergata nel settore scientifico-disciplinare BIO/11 (05/E2) Biologia Molecolare.
2014 – Abilitato dall'ANVUR a professore di prima fascia in Biochimica, settore scientifico disciplinare BIO/10 (05/E1).
2022 – Abilitato dall'ANVUR a professore di prima fascia in Biologia Molecolare, settore scientifico disciplinare BIO/11 (05/E2).

Finanziamenti ottenuti per attività di ricerca
Ha ottenuto fondi di ricerca da vari enti quali C.N.R., E.C., I.N.F.M., Ministero della Ricerca, Ministero della Salute.
Ad oggi:
-Partner del progetto PNRR CN1, Centro Nazionale delle Ricerche "High Performance Simulations, Computing and Data Analysis", Spoke 6 "Multiscale Modelling & Engineering Applications".
-Partner del progetto PNRR CN3 "Sviluppo di terapia genica e farmaci con tecnologia RNA", Spoke 7 "Biocomputing".
- Partner del progetto: "Aptidi per la prevenzione delle infezioni da Pseudomonas" Fondazione Italiana Ricerca Fibrosi Cistica (FFC Ricerca). Bando per le domande di sovvenzione anno 2023. Durata 3 anni, Finanziamento di 200.000 €. Coordinatore: Dott. Marco Sette, Dipartimento di Scienze e Tecnologie Chimiche, Tor Vergata. Partner 1: Coordinatore dell'Unità di Bioinformatica Strutturale, Prof. Mattia Falconi, Dipartimento di Biologia, Tor Vergata. Partner 2: coordinatore dell'Unità di esperimenti di immunizzazione, Prof. Marco Rinaldo Oggioni, Dipartimento di Farmacia e Biotecnologie, Università di Bologna.
-Partner nell'unità 3 con la Prof.ssa Daniela Billi del progetto PRIN: Progetti di Ricerca di Rilevante Interesse Nazionale – Bando 2022 Prot. 20224HJWMH: Extending the red limit of oxygenic photosynthesis: basic principles and implications for future applications. PI: Stefano Santabarbara, CNR.

Grant computazionali ricevuti
CASPUR (2007) High Performance Computing Grant: Dinamica molecolare classica di mutanti patologici del trasportatore mitocondriale ADP/ATP.
CASPUR (2009) High Performance Computing Grant: Studio dell'interazione farmaco-antitumorale topoisomerasi I attraverso la dinamica molecolare classica e calcoli ab-initio.
2011a - CASPUR; High Performance Computing Grant su cluster GPU: Simulazione di dinamica molecolare della topoisomerasi umana IB in complesso con plasmidi supercoiled.
2011b - CASPUR; High Performance Computing Grant: Caratterizzazione in silico del recettore LOX-1 per la progettazione di inibitori peptidici.
2013 - 6° bando PRACE; Nome del progetto: DNANANO - Simulazione di dinamica molecolare e caratterizzazione sperimentale di una famiglia di nanogabbie di DNA.
2015 - 10° bando PRACE; Nome del progetto: NANOCARGO - progettazione di nano-gabbie di DNA autoassemblanti dotate di gate a pH e temperatura controllata per il rilascio di biomolecole target.
2015 - Progetto ISCRA classe C, nome progetto: METANANO - Studio di metadinamica per la progettazione razionale di un meccanismo di apertura di nanocarrier di DNA.
2017- Progetto ISCRA classe C, nome progetto: H-SAMHD1 - Caratterizzazione strutturale della forma apo e olografica di SAMHD1 umano mediante simulazione di dinamica molecolare per studiare il processo di assemblaggio e disassemblaggio.
2017 - PRACE 14° bando 2017-2018. Nome del progetto: DNA VAULT - Simulazione di una nanostruttura di DNA origami in grado di controllare l'attività enzimatica di una singola molecola.
-Dal 2016 è utente di Calcolo ad Alte Prestazioni su Infrastruttura CRESCO ENEA.
Dal 2020 è attiva una collaborazione con i ricercatori ENEA sui temi di ricerca Covid-19.

Attività scientifica
È peer reviewer di numerose riviste internazionali. La sua attività scientifica è focalizzata sull'utilizzo di metodi computazionali per la comprensione delle proprietà strutturali, funzionali e di riconoscimento delle macromolecole biologiche. Si occupa di:
- comprendere i meccanismi di riconoscimento tra macromolecole o tra proteine e substrati o inibitori attraverso il calcolo del potenziale elettrostatico, la dinamica browniana e il docking molecolare;
- progettazione di peptidi e aptameri;
- modellistica molecolare di enzimi a struttura incognita e modellistica omologica di mutazioni finalizzata a modulare le proprietà strutturali, funzionali e di riconoscimento delle proteine;
- dinamica molecolare e simulazioni di campionamento potenziato finalizzate all'analisi della relazione struttura-dinamica-funzione su proteine native e mutate per comprendere le modalità di riconoscimento, funzionalità e inibizione spesso legate alle caratteristiche dinamiche delle strutture.

Responsabilità editoriali
-Associate Editor dell'International Journal of Molecular Science (IJMS, IF: 5.923, ISSN 1422-0067, http://www.mdpi.com/journal/ijms).
-Associate Editor di Frontiers in Molecular Biosciences e Frontiers in Applied Mathematics and Statistics (sezione Biological Modelling and Simulation) (IF 5.246, ISSN Online 2296-889X).
https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences

Collegamenti personali
È autore di 147 pubblicazioni su riviste internazionali con impact factor medio-alto.
ORCID: http://orcid.org/0000-0002-3990-4758
SCOPUS: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=7006841626
WOS: https://www.webofscience.com/wos/author/record/B-9621-2013
Pagina del gruppo: http://structuralbiology.bio.uniroma2.it/

Attività didattica
Mattia Falconi tiene i seguenti corsi presso il Dip. di Biologia dell'Università di Tor Vergata:
- corso di "Bioinformatica Strutturale" (6 CFU) nel Corso di Laurea Magistrale in Bioinformatica;
- AAS "Introduzione al sistema operativo Linux" (3 CFU) per tutti i corsi di laurea magistrale in Biologia e Biotecnologie.

Partecipazione al Collegio dei Docenti del Dottorato
- Dal 01/01/2003 al 31/12/2009: Università degli Studi di Tor Vergata, Dipartimento di Biologia. Partecipazione al corpo docente del Dottorato di Ricerca in: "BIOLOGIA CELLULARE E MOLECOLARE", durata: 3 anni.
- Dal 01/01/2010 ad oggi: Università degli Studi di Tor Vergata, Dipartimento di Scienze e Tecnologie Chimiche. Partecipazione al corpo docente del corso di dottorato: " MATERIALS FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT ", DURATA: 3 ANNI.

Incarichi Istituzionali
- Coordinatore del Corso di Laurea Magistrale in Bioinformatica,
dal 01.2020 ad oggi.
- Membro della Commissione Didattica,
dal 01.2016 ad oggi.
- Membro della Giunta del Dipartimento di Biologia,
dal 01.2016 ad oggi.
- Membro del Comitato di Conferma dei Ricercatori SSD BIO/11,
dal 2010 al 2012.

Brevetti
È titolare di un brevetto per invenzione industriale dal titolo: "JNK3 peptidi inibitori", a denominazione: 1) Università degli Studi di Milano: 75%; 2) Università degli Studi di Tor Vergata: 20%; 3) Università Politecnica delle Marche: 5%. Inventori: Tiziana Borsello, Mattia Falconi, Daniele Di Marino. L'invenzione è stata brevettata in Italia, Europa, Stati Uniti, Canada, Israele, Giappone, Patent Cooperation Treaty (PCT).
Breve descrizione: La presente invenzione riguarda peptidi inibitori selettivi e specifici della MAP chinasi JNK3 nel sistema nervoso centrale e il loro utilizzo nel trattamento di malattie acute e/o croniche del sistema nervoso centrale (SNC) e disturbi del neurosviluppo. Un elenco di malattie in cui il peptide può essere utilizzato: patologie acute del sistema nervoso, ischemia e trauma cranico; patologie croniche del sistema nervoso: Alzheimer, Parkinson, Huntington, demenza frontotemporale, sindrome di Down, schizofrenia e disturbi psichiatrici, atassia spinocerebrale, atrofia muscolare, sclerosi laterale amiotrofica, paralisi sopranucleare progressiva, degenerazione corticobasale, malattia di Pick, malattia da prioni, disturbi dello sviluppo del sistema nervoso, sindromi di Rett e Angelman e spettro autistico in generale, malattie che comportano qualsiasi infiammazione del parenchima cerebrale; glaucoma; diabete diabetico e retinopatia; sordità, danni alle cellule ciliate dell'orecchio interno.