LUANA LICATA

Ricercatore universitario

email: luana.licata@uniroma2.it
telefono: 06 7259 4315
edificio: SOGENE
stanza: 315

Istruzione e formazione

1999 Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Palermo, Italia

2004 Dottorato in Biochimica, svolto presso il Dipartimento di Biologia Strutturale, Istituto Max Planck di Biofisica,

Francoforte, Germania e conseguito alla Università Johann Wolfgang Goethe di Francoforte, Germania.

Impiego

1999 Visiting Scientist al Rangos Research Centre, Divisione di Immunogenetica, Dipartimento di

Pediatria, Children’s Hospital di Pittsburgh e Università di Pittsburgh, Pennsylvania, Stati Uniti

d’America.

2006 Consulente al Research and Technology Development Service (SDRR), Food & Agriculture

Organisation delle Nazioni Unite (FAO), Roma, Italia.

2006-2007 Post Doc in Bioinformatica, Dipartimento di Biologia, Università degli studi di Roma Tor

Vergata, Roma, Italia.

2008-2009 Consulente all’ Agriculture Department, Crop and Grassland service (AGPC), Food &

Agriculture Organisation delle Nazioni Unite (FAO), Roma, Italia.

2008-2018 Assegnista di Ricerca, Dipartimento di Biologia, Università degli studi di Roma Tor Vergata,

Roma, Italia.

2019-2022 RTDA, Dipartimento di Biologia, Università degli studi di Roma Tor Vergata, Roma, Italia.

2022 Senior project coordinator, Human technopole, Milano

2022-presente            RTDB, Dipartimento di Biologia, Università degli studi di Roma Tor Vergata, Roma,Italia.

Insegnamenti

2017-presente            Strumenti bioinformatici per lo studio e l’analisi dei dati biologici: dalla genomica alla

proteomica, AAS, Corso di Laurea Magistrale in Biologia Cellulare e Molecolare and Corso di Laurea

Magistrale in Bioinformatica.

2023-presente            Genetica umana formale e in silico, Corso di Laurea Magistrale in Biologia Cellulare e

Molecolare.

Interessi di Ricerca

La mia attività di ricerca scientifica si focalizza sull'analisi delle interazioni molecolari, sia fisiche che causali, con l'obiettivo di comprendere i meccanismi molecolari in vari contesti patologici, quali il cancro, le malattie infettive, le malattie rare e le malattie del neurosviluppo. In particolare, sullo studio dell'impatto delle varianti patogeniche sulla funzione delle proteine e sulle loro interazioni, al fine di identificare le relazioni tra genotipo e fenotipo e caratterizzare i meccanismi molecolari alla base delle malattie per identificare possibili strategie terapeutiche.

Sono la coordinatrice scientifica della risorsa bioinformatica MINT, il database Molecular INTeraction (ELIXIR Core Data Resources e Global Core Biodata Resources) che fornisce dati standardizzati sulle interazioni fisiche tra biomolecole (proteine, acidi nucleici, biomolecole e complessi proteici).

Sono la co-coordinatrice scientifica del database SIGNOR, una risorsa che annota relazioni causali e pathway associati a diverse entità biologiche (proteine, complessi, miRNA, piccole molecole) e collega funzionalmente geni associati a malattie tramite relazioni causali.

Produzione scientifica

2108/325246 - 2023 - SIGNOR 3.0, the SIGnaling network open resource 3.0: 2022 update

Iannuccelli, Marta; Castagnoli, Luisa; Licata, Luana; Perfetto, Livia - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. 631-637 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000868392800001 (35) - scopus: 2-s2.0-85159634044 (36)

2108/325306 - 2023 - Resources and tools for rare disease variant interpretation

Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES (Lausanne : Frontiers Media S.A., 2014-) pp. 1169109- - issn: 2296-889X - wos: WOS:001000438900001 (5) - scopus: 2-s2.0-85160058924 (4)

2108/325323 - 2023 - Proteomics Standards Initiative at Twenty Years: Current Activities and Future Work

Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH (Washington, D.C. : American Chemical Society, c2002-) pp. 287-301 - issn: 1535-3907 - wos: WOS:000918368600001 (21) - scopus: 2-s2.0-85146633740 (22)

2108/325364 - 2022 - IMEx Databases: Displaying Molecular Interactions into a Single, Standards-Compliant Dataset

Licata, Luana - 03 - Contributo in libro

libro: Data Mining Techniques for the Life Sciences - (978-1-0716-2094-6)

2108/325243 - 2022 - A Resource to Infer Molecular Paths Linking Cancer Mutations to Perturbation of Cell Metabolism

Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Perfetto, Livia - 01 - Articolo su rivista

rivista: FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES (Lausanne : Frontiers Media S.A., 2014-) pp. 893256- - issn: 2296-889X - wos: WOS:000805011900001 (2) - scopus: 2-s2.0-85131520980 (2)

2108/325248 - 2022 - The IntAct database: efficient access to fine-grained molecular interaction data

Perfetto, Livia; Licata, Luana; Iannuccelli, Marta; Panni, Simona - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. 648-653 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000743496700078 (110) - scopus: 2-s2.0-85123044845 (118)

2108/325263 - 2022 - The gene regulation knowledge commons: the action area of GREEKC

Licata, Luana; Panni, Simona; Perfetto, Livia - 01 - Articolo su rivista

rivista: BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA. GENE REGULATORY MECHANISMS (Amsterdam : Elsevier) pp. 194768- - issn: 1876-4320 - wos: WOS:000727751500001 (3) - scopus: 2-s2.0-85120502486 (4)

2108/325244 - 2022 - The RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform: Accelerating diagnosis, research, and gene discovery for rare diseases

Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: HUMAN MUTATION ([New York, N.Y.] : Wiley-Liss, Inc., c1992-) pp. 717-733 - issn: 1098-1004 - wos: WOS:000797970100009 (26) - scopus: 2-s2.0-85129988911 (29)

2108/325283 - 2022 - The Intricacy of the Viral-Human Protein Interaction Networks: Resources, Data, and Analyses

Iannuccelli, Marta; Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: FRONTIERS IN MICROBIOLOGY (Lausanne : Frontiers Research Foundation, 2010-) pp. 849781- - issn: 1664-302X - wos: WOS:000811074000001 (3) - scopus: 2-s2.0-85129522758 (3)

2108/266664 - 2021 - Integrating Patient-Specific Information into Logic Models of Complex Diseases: Application to Acute Myeloid Leukemia

Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Perfetto, Livia; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni; Sacco, Francesca - 01 - Articolo su rivista

rivista: JOURNAL OF PERSONALIZED MEDICINE (Basel: MDPI AG, 2011-) pp. - - issn: 2075-4426 - wos: WOS:000622705700001 (3) - scopus: 2-s2.0-85101196769 (4)

2108/288561 - 2021 - A Resource for the Network Representation of Cell Perturbations Caused by SARS-CoV-2 Infection

Perfetto, Livia; Micarelli, Elisa; Iannuccelli, Marta; Fuoco, Claudia; Paoluzi, Serena; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni; Licata, Luana; Sacco, Francesca - 01 - Articolo su rivista

rivista: GENES (Basel : Molecular Diversity Preservation International) pp. 450- - issn: 2073-4425 - wos: WOS:000633658000001 (5) - scopus: 2-s2.0-85103098209 (6)

2108/288565 - 2021 - COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms (vol 17, e10387, 2021)

Conti, Maria Cristina; Licata, Luana; Iannuccelli, Marta; Sacco, Francesca; Soliman, Sherif - 01 - Articolo su rivista

rivista: MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY (London : Nature Pub. Group) pp. e10851- - issn: 1744-4292 - wos: WOS:000735404400001 (44) - scopus: 2-s2.0-85122102471 (9)

2108/308476 - 2021 - COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms

Conti, Maria Cristina; Licata, Luana; Iannuccelli, Marta; Sacco, Francesca; Soliman, Sherif - 01 - Articolo su rivista

rivista: MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY (London : Nature Pub. Group) pp. - - issn: 1744-4292 - wos: WOS:000711353900001 (44) - scopus: 2-s2.0-85118262224 (47)

2108/255188 - 2020 - The minimum information about a molecular interaction CAusal STatement (MI2CAST)

Licata, Luana; Panni, Simona; Perfetto, Livia - 01 - Articolo su rivista

rivista: BIOINFORMATICS (-Oxford : Oxford University Press, 1998-) pp. 5712-5718 - issn: 1367-4803 - wos: WOS:000642297800023 (8) - scopus: 2-s2.0-85094135160 (11)

2108/325363 - 2020 - Using the MINT Database to Search Protein Interactions

Calderone, Alberto; Iannuccelli, Marta; Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: CURRENT PROTOCOLS IN BIOINFORMATICS (New York : Wiley, c2003-) pp. - - issn: 1934-3396 - wos: (0) - scopus: 2-s2.0-85081121721 (21)

2108/234347 - 2020 - CancerGeneNet: linking driver genes to cancer hallmarks

Iannuccelli, Marta; Micarelli, Elisa; Palma, Alessandro; Perfetto, Livia; Castagnoli, Luisa; Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. D416-D421 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000525956700058 (28) - scopus: 2-s2.0-85077665376 (29)

2108/234349 - 2020 - SIGNOR 2.0, the SIGnaling Network Open Resource 2.0: 2019 update

Licata, Luana; Iannuccelli, Marta; Palma, Alessandro; Micarelli, Elisa; Perfetto, Livia; Calderone, Alberto; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. D504-D510 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000525956700070 (162) - scopus: 2-s2.0-85077669355 (173)

2108/263795 - 2020 - The IMEx coronavirus interactome: an evolving map of Coronaviridae-host molecular interactions

Perfetto, Livia; Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Panni, Simona; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: DATABASE (Oxford: Oxford Journals, 2009- Oxford,UK: Oxford University Press) pp. - - issn: 1758-0463 - wos: WOS:000597233700001 (24) - scopus: 2-s2.0-85096407251 (27)

2108/263791 - 2020 - Towards a unified open access dataset of molecular interactions

Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Panni, Simona; Perfetto, Livia - 01 - Articolo su rivista

rivista: NATURE COMMUNICATIONS (London: Nature Publishing Group-Springer Nature) pp. 6144- - issn: 2041-1723 - wos: WOS:000598900500001 (0) - scopus: 2-s2.0-85097001859 (21)

2108/229788 - 2019 - Myo-REG: A portal for signaling interactions in muscle regeneration

Fuoco, Claudia; Gargioli, Cesare; Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Micarelli, Elisa; Paoluzi, Serena; Perfetto, Livia; Reggio, Alessio; Rosina, Marco; Sacconi, Fabio Enrico; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: FRONTIERS IN PHYSIOLOGY (Lausanne: Frontiers Research Foundation, 2010-) pp. 1216- - issn: 1664-042X - wos: WOS:000488077300001 (7) - scopus: 2-s2.0-85073006415 (6)

2108/241743 - 2019 - Capturing variation impact on molecular interactions in the IMEx Consortium mutations data set

Perfetto, Livia; Panni, Simona; Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NATURE COMMUNICATIONS (London: Nature Publishing Group-Springer Nature) pp. 10- - issn: 2041-1723 - wos: WOS:000454679900010 (43) - scopus: 2-s2.0-85059496699 (59)

2108/241727 - 2019 - CausalTAB: The PSI-MITAB 2.8 updated format for signalling data representation and dissemination

Perfetto, Livia; Cesareni, Giovanni; Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: BIOINFORMATICS ([Oxford] : Oxford University Press) pp. 3779-3785 - issn: 1367-4811 - wos: WOS:000499322300029 (20) - scopus: 2-s2.0-85072698050 (23)

2108/241930 - 2019 - Myo-REG: A portal for signaling interactions in muscle regeneration

Palma, Alessandro; Fuoco, Claudia; Gargioli, Cesare; Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Micarelli, Elisa; Paoluzi, Serena; Perfetto, Livia; Petrilli, Lucia Lisa; Reggio, Alessio; Rosina, Marco; Sacco, Francesca; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: FRONTIERS IN PHYSIOLOGY (Lausanne: Frontiers Research Foundation, 2010-) pp. 1216- - issn: 1664-042X - wos: WOS:000488077300001 (7) - scopus: 2-s2.0-85073006415 (6)

2108/234331 - 2018 - DISNOR: A disease network open resource

Calderone, Alberto; Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni; Perfetto, Livia - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. D527-D534 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000419550700081 (28) - scopus: 2-s2.0-85040932140 (33)

2108/241766 - 2018 - Encompassing new use cases - Level 3.0 of the HUPO-PSI format for molecular interactions

Ceol, Arnaud; Cesareni, Giovanni; Licata, Luana; Panni, Simona - 01 - Articolo su rivista

rivista: BMC BIOINFORMATICS ([London]: BioMed Central, [2000]-) pp. 134- - issn: 1471-2105 - wos: WOS:000431023300009 (35) - scopus: 2-s2.0-85045277433 (40)

2108/241771 - 2016 - The MintAct project and molecular interaction databases

Licata, Luana - 03 - Contributo in libro

libro: Data Mining Techniques for the Life Sciences - (978-1-4939-3570-3)

2108/266456 - 2016 - SIGNOR: A database of causal relationships between biological entities

Perfetto, Livia; Briganti, Leonardo; Calderone, Alberto; Iannuccelli, Marta; Langone, Francesca; Licata, Luana; Marinkovic, Milica; Pavlidou, Theodora; Santonico, Elena; Spada, Filomena; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. D548-D554 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000371261700076 (167) - scopus: 2-s2.0-84976871607 (180)

2108/100777 - 2015 - VirusMentha: a new resource for virus-host protein interactions

Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford University Press:Journals Department, Great Clarendon Street, Oxford OX2 6DP United Kingdom:011 44 1865 556767, EMAIL: jnlorders@oup.co.uk, INTERNET: http://www.oup.co.uk, Fax: 011 44 1865 267485 Editore precedente: Information Retrieval ltd., London) pp. 588-592 - issn: 0305-1048 - wos: WOS:000350210400088 (114) - scopus: 2-s2.0-84941128057 (126)

2108/241777 - 2015 - The complex portal - An encyclopaedia of macromolecular complexes

Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford : Oxford University Press) pp. D479-D484 - issn: 1362-4962 - wos: WOS:000350210400073 (69) - scopus: 2-s2.0-84946048367 (66)

2108/129185 - 2015 - SIGNOR: a database of causal relationships between biological entities

Iannuccelli, Marta; Licata, Luana; Peluso, Daniele; Santonico, Elena; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford University Press:Journals Department, Great Clarendon Street, Oxford OX2 6DP United Kingdom:011 44 1865 556767, EMAIL: jnlorders@oup.co.uk, INTERNET: http://www.oup.co.uk, Fax: 011 44 1865 267485 Editore precedente: Information Retrieval ltd., London) pp. 548-554 - issn: 0305-1048 - wos: WOS:000371261700076 (168) - scopus: 2-s2.0-84976871607 (180)

2108/124592 - 2015 - Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources

Cesareni, Giovanni; Helmer Citterich, Manuela; Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford University Press:Journals Department, Great Clarendon Street, Oxford OX2 6DP United Kingdom:011 44 1865 556767, EMAIL: jnlorders@oup.co.uk, INTERNET: http://www.oup.co.uk, Fax: 011 44 1865 267485 Editore precedente: Information Retrieval ltd., London) pp. gkv1116- - issn: 0305-1048 - wos: WOS:000371261700005 (82) - scopus: 2-s2.0-84976872277 (109)

2108/96339 - 2014 - The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases

Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford University Press:Journals Department, Great Clarendon Street, Oxford OX2 6DP United Kingdom:011 44 1865 556767, EMAIL: jnlorders@oup.co.uk, INTERNET: http://www.oup.co.uk, Fax: 011 44 1865 267485 Editore precedente: Information Retrieval ltd., London) pp. D358-D358-63 - issn: 0305-1048 - wos: WOS:000331139800054 (987) - scopus: 2-s2.0-84891799734 (1037)

2108/77888 - 2012 - MINT, the molecular interaction database: 2012 update

Licata, Luana; Sacco, Francesca; Santonico, Elena; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford University Press:Journals Department, Great Clarendon Street, Oxford OX2 6DP United Kingdom:011 44 1865 556767, EMAIL: jnlorders@oup.co.uk, INTERNET: http://www.oup.co.uk, Fax: 011 44 1865 267485 Editore precedente: Information Retrieval ltd., London) pp. D857-D857-61 - issn: 0305-1048 - wos: WOS:000298601300128 (748) - scopus: 2-s2.0-84860918589 (812)

2108/96329 - 2011 - Benchmarking of the 2010 BioCreative Challenge III text-mining competition by the BioGRID and MINT interaction databases

Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: BMC BIOINFORMATICS ([London]: BioMed Central, [2000]-) pp. S8-S8 - issn: 1471-2105 - wos: WOS:000303932700008 (12) - scopus: 2-s2.0-80053430329 (12)

2108/96328 - 2011 - The Protein-Protein Interaction tasks of BioCreative III: classification/ranking of articles and linking bio-ontology concepts to full text

Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: BMC BIOINFORMATICS ([London]: BioMed Central, [2000]-) pp. S3-S3 - issn: 1471-2105 - wos: WOS:000303932700003 (88) - scopus: 2-s2.0-80053423937 (116)

2108/8398 - 2010 - MINT, the molecular interaction database: 2009 update

Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Oxford University Press:Journals Department, Great Clarendon Street, Oxford OX2 6DP United Kingdom:011 44 1865 556767, EMAIL: jnlorders@oup.co.uk, INTERNET: http://www.oup.co.uk, Fax: 011 44 1865 267485 Editore precedente: Information Retrieval ltd., London) pp. D532-9- - issn: 0305-1048 - wos: WOS:000276399100086 (391) - scopus: 2-s2.0-75549083295 (437)

2108/19076 - 2010 - The FEBS Letters/BioCreative II.5 experiment: making biological information accessible

Ceol, Arnaud; Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NATURE BIOTECHNOLOGY (New York, NY : Nature Pub. Co., [1996-) pp. 897-899 - issn: 1087-0156 - wos: WOS:000281719100009 (28) - scopus: 2-s2.0-77956665000 (34)

2108/8673 - 2010 - Enriching the viral-host interactomes with interactions mediated by SH3 domains

Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: AMINO ACIDS (Wien: Springer Verlag) pp. 1541-7- - issn: 0939-4451 - wos: WOS:000277133900029 (8) - scopus: 2-s2.0-77955890900 (8)

2108/19075 - 2009 - Recurated protein interaction datasets

Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: NATURE METHODS (New York, NY : Nature Pub. Group, c2004-) pp. 860-861 - issn: 1548-7091 - wos: WOS:000272187200003 (43) - scopus: 2-s2.0-73349085604 (44)

2108/30835 - 2008 - Searching the MINT database for protein interaction information

Cesareni, Giovanni; Licata, Luana - 01 - Articolo su rivista

rivista: CURRENT PROTOCOLS IN BIOINFORMATICS (New York : Wiley, c2003-) pp. - - issn: 1934-3396 - wos: (0) - scopus: 2-s2.0-57549096908 (9)

2108/31215 - 2008 - Protein interactions: integration leads to belief

Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: Trends in Biochemical Sciences () pp. 241-242 - issn: 9680004 - wos: WOS:000257451300002 (26) - scopus: 2-s2.0-44749093999 (31)

2108/31211 - 2008 - Linking entries in protein interaction database to structured text: The FEBS Letters experiment

Licata, Luana; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: FEBS LETTERS (Elsevier BV:PO Box 211, 1000 AE Amsterdam Netherlands:011 31 20 4853757, 011 31 20 4853642, 011 31 20 4853641, EMAIL: nlinfo-f@elsevier.nl, INTERNET: http://www.elsevier.nl, Fax: 011 31 20 4853598) pp. 1171-1177 - issn: 0014-5793 - wos: WOS:000255522100003 (54) - scopus: 2-s2.0-41249090605 (62)

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Ceol, Arnaud; Licata, Luana; Castagnoli, Luisa; Costa, Silvio; Cesareni, Giovanni - 01 - Articolo su rivista

rivista: GENOME BIOLOGY (BioMed Central) pp. - - issn: 1474-760X - wos: WOS:000278173900005 (25) - scopus: 2-s2.0-51049101706 (27)