Ripartizione III – Scuola di Dottorato Tor Vergata






BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ED ECOLOGIA

Procedura di accesso
Competition procedure



Obiettivi formativi del dottorato
Educational goals and objectives

descrizione:L'obiettivo finale è portare gli studenti a uno stadio di formazione idoneo all'inserimento nell’attività di ricerca, così come essa è attualmente praticata a livello internazionale nei campi di competenza del Dottorato. A tale scopo vengono perseguiti i seguenti obiettivi formativi intermedi: piena acquisizione del metodo sperimentale, capacità di individuare le variabili rilevanti nelle diverse condizioni sperimentali; conoscenza delle metodiche sperimentali più aggiornate e idonee a rispondere ai quesiti scientifici a cui le proprie ricerche intendono rispondere; sviluppo delle capacità di sistematizzazione nella raccolta dei materiali e dei dati sperimentali mediante l'utilizzo di metodi informatici appropriati e che consentano l'interscambio con il resto della comunità scientifica; costruzione di un bagaglio di conoscenze riguardo ai metodi di analisi più moderni e idonei dei dati sperimentali nei rispettivi campi di indagine; conoscenza e frequentazione delle banche dati rilevanti ai fini delle proprie ricerche; conoscenza della letteratura di interesse e suo continuo aggiornamento; sviluppo delle capacità di chiarezza e sintesi espositiva; capacità di individuare le ricadute delle proprie ricerche in ambito forense e sui fronti di salute pubblica, produzione alimentare e/o industriale, gestione, conservazione e valorizzazione delle risorse naturali e dei beni culturali; capacità relazionali; avviamento alle attività progettuali per ricerche future.

Il corso dura 3 anni e prevede attivita' sperimentale svolta in prima persona dallo studente. Le risorse economiche per lo svolgimento delle ricerche sono garantite dal supervisore accademico. Sono disponibili fondi per lo svolgimento di missioni.

Durante il corso e' richiesto allo studente:
- di seguire scrupolosamente le attivita' didattiche seminariali e di corsi previste per ciascun anno;
- di organizzare la discussione in qualita' di "discussant" in alcune di queste;
- di svolgere un totale di 4 presentazioni al collegio e agli altri studenti sull'avanzamento del proprio lavoro;
- di rispettare i tempi di presentazione e correzione della dissertazione finale (obbligatoriamente in Inglese);
- di conseguire la pubblicazione "peer reviewed" di almeno un lavoro in extenso come autore preminente, in cui siano riportati risultati attinenti il proprio programma.

Le attivita’ didattiche di tipo frontale vengono svolte tramite un fitto calendario di seminari e corsi, in maggioranza in lingua inglese, tenuti da esperti esterni, in parte erogati per via telematica. Sono trattate anche le questioni del finanziamento della ricerca e difesa della proprieta' intellettuale. Per un elenco v. http://dottoratobee.uniroma2.it/training_offer/

La parita' di genere e' salvaguardata.

PhD:EVOLUTIONARY BIOLOGY AND ECOLOGY
description:The program in Evolutionary Biology and Ecology is structured in three years and offers a unique multidisciplinary training experience leading to a Doctorate degree. The Biology Department, in partnership with private and public institutions in the Rome area and beyond have designed a Program that crosses traditional disciplinary boundaries to offer the appropriate multidisciplinary research training and to enrich the plurality of knowledge. The Scientific Board includes experts in various fields, and graduate students can select research opportunities in areas as diverse as Anthropology, Biochemistry, Botany, Ecology, Molecular biology, Genetics, Microbiology, Parasitology, Physiology and Zoology. Graduate students are expected to devote their full time to research and study. The main goal of our Program consists in enabling students to become independent, creative, and productive researchers by cultivating their skills in a multidisciplinary environment.

Specialized courses, English courses (at different skill levels), courses in Statistics and Informatics are planned. In addition, ad hoc seminars will be also held to train PhD students in research management, research and funding systems, exploitation of research results and intellectual property.

Seminars and workshops delivered by external lecturers, cover topics within the Program aims. PhD students are encouraged to participate in the discussions. Journal Club meetings will also be regularly scheduled to both stimulate scientific discussions and convey the message that constant update is important in scientific research.
The list is available at http://dottoratobee.uniroma2.it/training_offer/

The students will also be encouraged to have experiences abroad at qualified Universities and Research Centers.

At the end of each year of activity, each student is required to present her/his research achievements, publicly discussing them in front of the Scientific Board. The evaluation by the Scientific Board will determine admission to the subsequent year of the Program. The students are required to publish the results of their research on peer-reviewed international journals. A good knowledge of English is required, and the doctoral thesis must be written in English.

Gender equality is safeguarded.

Settori Disciplinari:

Borse e posti di dottorato disponibili
Available scholarships and positions

ex D.M. 117/2023 ex D.M. 118/2023 Enti terzi Ateneo Stato Estero Dipendenti PA Imprese senza borsa Partenariati estesi Posti senza borsa
Transizione digitale Generiche Pubblica Amministrazione Patrimonio culturale
0 0 3 1 0 0 5 2 3 1 0 2

Tematiche definite per le borse PNRR e di Ateneo estero
Themes defined for funded scholarships

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Analisi integrata delle risposte a stress ambientali (inquinanti; interferenti endocrini; caldo/freddo estremo) mediante approcci computazionali e sperimentali.
Ente finanziatore: PNRR
Il candidato dovrà affrontare tematiche connesse alla relazione uomo-ambiente (esposoma), mediante l'acquisizione di competenze bioinformatiche, cellulari e fisiologiche, al fine di:- sviluppare modelli computazionali basati su IA, per comprendere le risposte delle singole cellule di un tessuto a stress ambientali ((inquinanti; interferenti endocrini; caldo/freddo estremo);- validare i dati predittivi (computazionali) mediante lo sviluppo di sistemi sperimentali (cellulari e/o modelli animali da laboratorio);- analizzare le perturbazioni dei flussi metabolici in relazione alle risposte cellulari a stress ambientali ((inquinanti; interferenti endocrini; caldo/freddo estremo).- identificare marcatori biologici connessi alla variabile ambientale oggetto di esame.

- Integrative experimental and computational analysis of the response to environmental stress
"The PhD student will address issues related to the human-environment relationship (exposome). Through the acquisition of bioinformatics, cellular and physiological skills, the PhD student will develop: - computational models based on AI, to understand the responses of single cells of a tissue to environmental stresses (pollutants; endocrine disruptors; cold exposure; dietary overload); - predictive models (computational) through experimental approaches (cellular models and/or laboratory animals); - experimental models to decipher the metabolic phenotype of responses to environmental stress (pollutants; endocrine disruptors; cold exposure; dietary overload). - biological markers to monitor the environmental responses in vivo."

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Sistema di produzione in pianta di mioglobina per applicazioni biotecnologiche in ambito agroalimentare
Ente finanziatore: PNRR
Il progetto si propone di sviluppare un sistema di produzione di mioglobina, emoproteina presente nel tessuto muscolare dei vertebrati, in piante di interesse alimentare, come il pomodoro, attraverso un approccio biotecnologico basato sull’ingegneria genetica delle piante.Lo scopo è quello di poter utilizzare la mioglobina prodotta in pianta nell’ambito della produzione di carne colturale. La mioglobina è responsabile, infatti, della colorazione della carne e rappresenta dal punto di vista nutrizionale un’importante fonte di ferro biodisponibile. Piante di pomodoro verranno stabilmente trasformate mediante Agrobacterium tumefaciens con costrutti che determinino l’espressione del gene della mioglobina costitutivamente e/o specificamente nel frutto. La proteina verrà espressa sia in forma nativa che con tag per facilitarne la purificazione. Analisi biochimico- funzionali verranno condotte allo scopo di verificare la corretta incorporazione dell’eme e la funzionalità della proteina prima di utilizzarla nella preparazione di carne coltivata

- Production of myoglobin in plants for biotechnological applications in the agri-food sector.
"The project aims to develop a production system of myoglobin in edible plants, such as tomato, through a biotechnological approach based on the genetic engineering of plants. The plant-produced myoglobin will be used in the production of cultural meat. In fact, myoglobin is responsible for the coloration of meat and is an essential source of bioavailable iron from a nutritional point of view. Tomato plants will be stably transformed by Agrobacterium tumefaciens with constructs that allow the production of myoglobin in the whole plant or, specifically, in the fruit. For this purpose, the myoglobin gene will insert in binary vectors under the control of constitutive and fruit-specific promoters. The protein will be expressed in both native and tagged form to facilitate its purification. Biochemical-functional analyses will be performed to verify the correct incorporation of heme and the functionality of the protein before using it in the preparation of cultured meat."

DM118 GENERICHE - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- La biofortificazione con zinco delle piante edibili come mezzo per contrastare la contaminazione da enterobatteri patogeni
Ente finanziatore: PNRR
Frutta e verdura fresca sono alimenti essenziali per una corretta e sana alimentazione. Sebbene il loro consumo sia innegabilmente associato a grandi benefici per la salute umana, esse rappresentano una parte significativa dei focolai di intossicazione alimentare causata da batteri patogeni. Alcuni di essi, ad esempio Salmonella enterica, possono colonizzare e moltiplicarsi all'interno del tessuto vegetale, che diventa una nicchia protetta e veicolo di infezione in caso di consumo del vegetale crudo. Recenti studi hanno dimostrato che uno dei meccanismi di risposta della pianta all'infezione consiste nell'accumulo di zinco a livelli tossici per il patogeno ma i meccanismi molecolari alla base di questa difesa sono tutt'ora in gran parte sconosciuti. Studi condotti su piante che accumulano naturalmente alti livelli di zinco nei loro tessuti suggeriscono che questo meccanismo può proteggere le piante limitando la crescita di microrganismi patogeni e fitofagi. L'obiettivo principale del presente progetto di ricerca è quello di analizzare i meccanismi molecolari alla base dell'interazione pianta/enterobatteri, influenzati dalla disponibilità di zinco, e di valutare se la modulazione di questo micronutriente sia un fattore discriminante per la capacità di enterobatteri patogeni umani di colonizzare i tessuti vegetali. I risultati di questo progetto contribuiranno a comprendere se la biofortificazione delle colture con zinco possa conferire protezione contro gli agenti patogeni, oltre che migliorare la qualità nutrizionale delle colture stesse.

- Biofortification of edible plants with zinc to counteract contamination by pathogenic enterobacteria
"Fresh fruits and vegetables are essential foods for a correct and healthy diet. Although their consumption is undeniably associated with great benefits for human health, they represent a significant part of the outbreaks of food poisoning caused by pathogenic bacteria. Some of them, e.g., Salmonella enterica, can colonize and multiply within the plant tissue, which becomes a protected niche and vehicle of infection in case of consumption of raw vegetables. Recent studies have shown that one of the mechanisms of the plant response to infection consists in the accumulation of zinc at levels toxic to the pathogen, and the molecular mechanisms underlying this defense are still largely unknown. Studies conducted on plants that naturally accumulate high levels of zinc in their tissues suggest that this mechanism may protect plants by limiting the growth of pathogenic and phytophagous microorganisms. The main objective of the present research project is to analyze the molecular mechanisms underlying plant-enterobacteria interaction, influenced by the availability of zinc, and to evaluate whether the modulation of this micronutrient is a discriminating factor for the ability of human pathogenic enterobacteria to colonize plant tissues. The results of this project will help to understand whether the biofortification of crops with zinc can confer protection against pathogens, as well as improve the nutritional quality of the crops themselves."

DM118 P.A. - COMPLESSIVA PER IL CORSO

- Valutazione multidisciplinare dei biodeteriogeni dei rotoli pergamenacei
Ente finanziatore: PNRR
Il rotolo pergamenaceo del Processo ai Templari (1309-1310) è un prezioso documento conservato presso l'Archivio Apostolico Vaticano (ex-Archivio segreto) che deve essere restaurato. Nel corso della procedura di restauro è quindi possibile ottenere frammenti su cui effettuare analisi biologiche (NGS), chimiche (Raman e FTIR) e fisiche (LTA) in grado di fornire indicazioni sullo stato di conservazione e sulla 'storia' conservativa del rotolo stesso, in modo da fornire elementi importanti ai restauratori per le loro attività di tutela del patrimonio documentale. Questo tipo di approccio multidisciplinare è stato già applicato a un altro prezioso rotolo pergamenaceo conservato nello stesso archivio (Atti del Processo di canonizzazione di Lorenzo Loricato, datato 1244; A.A. Arm. I-XVIII 3328) e si è dimostrato già estremamente utile e interessante per valutare i processi di degradazione delle pergamene antiche e integrare le valutazioni ottenute dagli studi diagnostici multidisciplinari agli studi storico artistici (Migliore et al., 2017, 2019 Scientific Report; Perini et al., 2019, 2020 Frontiers in Microbiology). Ci si attende di ottenere analoghi importanti risultati anche su questo affascinante documento, già ampiamente studiato per quel che riguarda i contenuti, a cui si potranno aggiungere informazioni diagnostiche mai valutate prima.

- A multidisciplinary evaluation of bio-deterioration of parchments
"The parchment roll of the Templar Process (1309-1310) is a precious document kept in the Vatican Apostolic Archive (ex-Secret Archive), which needs to be restored. During the restoration procedures it is therefore possible to obtain fragments on which to carry out micro-invasive biological (NGS), chemical (Raman and FTIR) and physical (LTA) analyses, able of providing information on the conservation state and 'history' of the roll itself. These analyses provide important elements to restorers for their activities aimed to protect the documentary heritage. This type of multidisciplinary approach has already been applied to another precious parchment scroll preserved in the same Archive (Atti del Processo di canonizzazione di Lorenzo Loricato, dated 1244; A.A. Arm. I-XVIII 3328) and has already proved to be extremely useful and interesting for evaluate the degradation processes of ancient parchments and integrate the evaluations obtained from multidisciplinary diagnostic studies with historical-artistic studies (Migliore et al., 2017, 2019 Scientific Report; Perini et al., 2019, 2020 Frontiers in Microbiology). We expect to obtain similar important results also on this fascinating document, which has already been extensively studied as regards the contents, to which it will be possible to add diagnostic information never evaluated before."

Il candidato sceglierà una tematica in fase di presentazione della candidatura on line


Procedura concorsuale
Competition Procedure

Valutazione titoli
Qualifications assessment

lingua/language:
INGLESE
ITALIANO
Saranno valutati i seguenti materiali da presentarsi OBBLIGATORIAMENTE:
-Progetto di ricerca
-Curriculum vitae
-Almeno 2 lettere di raccomandazione
Saranno inoltre valutati i seguenti materiali se disponibili:
-Voto di Laurea
-Media dei voti degli esami
-Pubblicazioni

Titoli redatti in lingue diverse da Italiano o Inglese richiedono un'appropriata traduzione
The following documentation is MANDATORY and will be evaluated:
-Research project
-Curriculum vitae
-A minimum of 2 recommendation letters
The following documentation will be also evaluated, if available:
-Score of the final degree
-Average of grades
-Publications

Qualifications in languages other than English or Italian require proper translation.

Prova orale
Oral interview

lingua/language:
INGLESE
ITALIANO
Verte sulle conoscenze e competenze del candidato nei campi di interesse del Dottorato, sul programma di ricerca presentato dal candidato, e in una prova di lettura, comprensione e colloquio in lingua inglese.
I candidati possono sostenere la prova orale in Italiano o Inglese.
The oral exam consists in a presentation of the candidate's knowledge in the fields of interest in this PhD course, in the aims and methods of the Research program, and in a demonstration of the candidate's skills in using English language in written and oral communication.
All candidates can freely choose between Italian and English in the oral exam.


Informazioni e recapiti
contacts and info
info@bee-phd.uniroma2.it 06.72594104 http://dottoratobee.uniroma2.it/
Eventuali ulteriori informazioni
more info
Ai fini della selezione per il dottorato di ricerca, il candidato dovrà presentare un progetto che possa far valutare la propensione alla ricerca e la sua capacità di organizzare in autonomia le diverse fasi della ricerca e che non dovrà superare la lunghezza massima di 6000 caratteri (spazi inclusi). Tale progetto, presentato ai fini concorsuali, non costituisce obbligo, per i candidati ammessi, allo svolgimento dell’attività di ricerca nel corso del dottorato.
Inoltre e’ obbligatoria la presentazione di almeno 2 lettere di referenza redatte da personale attivo nella ricerca.

Pagina del Corso di Dottorato in Biologia Evoluzionistica ed Ecologia
Candidates are requested to propose their own research project, which is supposed to (but not necessarily) be adherent to one of the research lines mentioned in the call and can be discussed with one or more of the board members in advance. Stay within 6000 chars. (spaces included). Please note that, if admitted, your research activity will be fully concerted with your supervisor and may adhere only partially to this project..
In addition, two recommendation letters are requested, from active researchers with whom you have been in contact.
All candidates seeking for a bursary must pass an in-person oral examination, in the premises of University Tor Vergata. If you are a foreign applicant unable to attend, please consider seriously the alternative option: foreign students with their own financial support have reserved positions and a simplified admittance procedure, with an online interview.

Pagina del Corso di Dottorato in Biologia Evoluzionistica ed Ecologia

Curriculum studiorum

- data e voto di laurea (obbligatorio)
Graduation date and grade of the Master's degree
- elenco degli esami sostenuti per la laurea MAGISTRALE e relative votazioni (obbligatorio)
detailed list of exams including completion dates and scores of Masters's degree

Ulteriore documentazione richiesta ai candidati
Additional documentation required

progetto di ricerca obbligatorio/mandatory
Ai fini della selezione per il dottorato di ricerca, il candidato dovrà presentare un progetto che possa far valutare la propensione alla ricerca e la sua capacità di organizzare in autonomia le diverse fasi della ricerca e che non dovrà superare la lunghezza massima di 6000 caratteri (spazi inclusi). Tale progetto, presentato ai fini concorsuali, non costituisce obbligo, per i candidati ammessi, allo svolgimento dell’attività di ricerca nel corso del dottorato. , da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
prima lettera di presentazione (a cura di un docente) obbligatorio/mandatory, la lettera dovrà essere caricata dal candidato sul modulo di domanda/the letter must be uploaded by the candidate
E’ obbligatoria la presentazione di almeno 2 lettere di referenza redatte da personale attivo nella ricerca., da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
seconda lettera di presentazione (a cura di un docente) obbligatorio/mandatory, la lettera dovrà essere caricata dal candidato sul modulo di domanda/the letter must be uploaded by the candidate
E’ obbligatoria la presentazione di almeno 2 lettere di referenza redatte da personale attivo nella ricerca., da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
elenco delle pubblicazioni non obbligatorio/optional
Indicare solamente lavori gia' pubblicati o almeno accettati per la publicazione. Astenersi dal presentare manoscritti "sottomessi" o "in preparazione", da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana
altro documento: CV (CV) obbligatorio/mandatory
Deve riportare il titolo della tesi di Laurea Magistrale (o a ciclo unico) e la relativa disciplina
Must display the title of the final dissertation and the corresponding scientific field, da caricare entro 26/06/2023 entro le ore 14:00 ora italiana

Competenza linguistica richiesta ai candidati
Language Skills

Il candidato dovrà obbligatoriamente conoscere le seguenti lingue:
the candidate will have to know the following languages
INGLESE

Griglia di valutazione
Evaluation scale

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Credits